Der älteste Fund aus der Vorgeschichte unserer Heimat ist eine Pfeilspitze, die am Kugelberg auf einem Feld entdeckt wurde. Aus Silex gefertigt weist sie in die Jungsteinzeit.
Erst 1999 wurde an der Kreisstraße oberhalb Niederhinzing bei Bauarbeiten eine Urne freigelegt. Laut dem Jahrbuch des Archeologischen Vereins Freising stammt die Urne aus der späten Bronzezeit 1200 bis 850 v. Chr. Die Urne enthielt neben Leichenbrandresten auch Scherben von Geschirr. Der Fund lässt eine damalige Ansiedlung in der Nähe vermuten.
Aus der Römerzeit gibt es kaum Hinweise. Der Chronist Josef Hauser vermutet aber, dass es schon vor der bajuwarischen Besiedlung keltoromanische Gehöfte in unserer Gegend gab, aus denen sich spätere Siedlungsstrukturen entwickelten.
Aus der zweiten Hälfte des 8. Jahrhunderts stammt die erste Erwähnung des Ortes
"Hrodolfeshusir", aus dem sich der Name Rudelzhausen ableitete. Die nachfolgenden Jahrhunderte über finden sich immer wieder einzelne urkundliche Erwähnungen des Ortes.
Die Bezeichnung Rudelzhausen hat sich vor allem im Zusammenhang mit der Pfarreibildung gefestigt. Als Bezeichnung einer staatlichen Verwaltungseinheit erscheint der Ort erst 1978, als die Gemeinden Enzelhausen, Tegernbach und Grafendorf zusammengelegt wurden.
Der Name Enzelhausen taucht erstmals 759 in der Bezeichnung
"Enilhusir" auf. Ab dem 11. Jahrhundert gibt es urkundliche Erwähnungen des Ortes.
Bis Mitte des 15. Jahrhunderts waren die ländlichen Bereiche in größere Gerichts- und Verwaltungsbezirke gegliedert. Erst danach gab es die Einteilung in sogenannte Haupt- und Obmannschaften.
1465 ist Enzelhausen als eine dieser Obmannschaften nachweisbar. Mit der 1808 beginnenden bayerischen Landesvermessung erfolgte eine feinere Einteilung in Gemeinden, die zugleich Steuerdistrikte waren. 1822 gab es offiziell eine Gemeinde Enzelhausen. Die Bezeichnung blieb bis 1978.